Der Naturschutz ist eine wichtige Aufgabe der Wasserwacht: Für die Gesundheit und das Badevergnügen der Bürger sind saubere Gewässer von großer Bedeutung. 

Nur in einem sauberen Gewässer ist ein gesundheitlich unbedenkliches Baden möglich. Auch sollte der Spaß der erholungssuchenden Menschen nicht zu Lasten der ursprünglichen Wasserbewohner gehen. Denn, wenn die Natur stirbt, wird auch der Mensch als Bestandteil von Ihr nicht mehr lange so wie bisher zu leben haben. Außerdem macht Baden in einem sauberen Gewässer mehr Spaß, als in einem See mit hohem Schadstoffgehalt, der zur Müllkippe geworden ist.

Daher führt die Wasserwacht vielerorts Naturschutzstreifen durch und beseitigt Unrat von Ufern und aus den Gewässern.

In Ingolstadt nimmt die Wasserwacht z. B. regelmäßig an der Ramadama-Aktion der Ingolstädter Kommunalbetriebe teil.

Die Mitglieder der Wasserwacht leisten ihren Dienst freiwillig und entgeltlos in ihrer Freizeit – Aus Spaß am Sport und aus Freude am Helfen.